基隆水上警察署,是台灣日治時代基隆市的警察署,位在明治町,現基隆港務警察局之前身。
昭和11年(1936年)設置,管轄基隆市沿岸部,署長由警視任之。基隆市其餘區域由基隆警察署管轄。
以下是昭和19年(1944年)管轄區域一覽。[1]