孫念祖(1829年—?),字仲修,又字萃农,号心农,又号涤湖,浙江会稽人。清朝官員。
咸豐九年(1859年)一甲第二名進士(榜眼),授翰林院編修。同治元年(1862年)出任山西乡试副考官,孙念祖出任湖北学政。累官贵州镇远府知府。