小早川水軍(日語:小早川水軍/こばやかわすいぐん Kobayakawasuigun)是小早川家(日語:小早川家)率領的水軍,在小早川隆景一代擔任毛利水軍(日語:毛利水軍)的主力。
天文24年(1555年),在嚴島之戰中,與村上水軍一同作戰等,作為毛利水軍和毛利氏的主力奮戰。天正4年(1576年),在第一次木津川口之戰中,擊敗織田氏的九鬼水軍(日語:九鬼水軍)。