調控序列(英語:Regulatory sequence,又譯調節序列)是生物體內可以促進或抑制基因表達的核酸片段。調控序列可以是DNA中一段包含啟動子、增強子、沉默子,以及一些調節蛋白(如轉錄因子)附着位點的核酸片段。這些序列調控了基因的表達,進而影響蛋白質的合成。除此之外,mRNA也有調控序列,可與RNA結合蛋白或其他RNA結合。
基因表達的調節是所有生物(包括病毒)的基本特徵。
在DNA中,基因表達的調節通常發生在轉錄時,通過DNA序列與轉錄因子的特異性結合來實現。轉錄因子可以作為活化物或阻遏物,也可同時作為兩者調控基因表達。
而在RNA中的調控序列通常作用於轉譯、RNA剪接等過程中。調控序列通常位於mRNA兩端,控制mRNA的生物合成和轉譯。