由清朝西寧辦事大臣改設。1915年10月3日裁撤。同年，西寧鎮總兵改為西寧鎮守使，後又改為「甘邊寧海鎮守使」。北洋政府規定「以青海屬甘，以長官事屬鎮守使」，即以甘邊寧海鎮守使負責原青海辦事長官事務。
- 慶恕（－1912年7月14日）
- 馬福祥（1912年7月14日兼署－）
- 廉興（1912年8月31日－1915年9月6日革職）
由清朝西藏辦事大臣改設。
- 鍾穎（1912年5月9日－1913年）
- 陸興祺（1913年6月1日護理－1914年4月2日）
- 陸興祺（1914年4月2日－1916年3月2日假－1920年5月19日假－1920年8月27日續假－1923年3月31日假－1924年5月16日續假）（1925年起未再任職）
- 李嘉嚞（1916年3月2日代行－1922年）
由清朝阿爾泰辦事大臣改設。1919年6月1日裁撤，轄區並為新疆省阿山道。
- 帕勒塔（1912年5月17日－1914年1月9日假，11月7日開缺）
- 劉長炳（1914年1月9日暫署－）
- 程克（1915年12月3日－1918年3月15日）
- 張慶桐（1918年3月15日署－1919年6月1日裁撤）
參考文獻
- 錢實甫 編：《北洋政府職官年表》，上海：華東師範大學出版社，1994年.
