孔贞运（1574年—1644年），字开仲，号玉横，直隶应天府句容县籍池州府建德县人，祖籍山东曲阜，明朝政治人物，孔子第六十三代孙。
万历四十年（1612年）乡试中举。万历四十七年（1619年）成己未科庄际昌榜进士一甲第二名（榜眼），授翰林院编修。天启五年（1625年）充任会试考试官。天启七年（1627年）升左春坊左谕德。崇祯元年（1628年）任国子监祭酒，升为詹事。崇祯九年（1636年）官至首辅。谥文忠。
孔闻敕第二子，万历四十一年癸丑科进士孔贞时弟。
