蛋白质数据库
此条目介绍的是蛋白质数据库。关于该数据库使用的一种储存蛋白质结构文件的格式，请见“PDB (文件格式)”。蛋白质数据库（Protein Data Bank，简称PDB）是一个专门收录蛋白质及核酸的三维结构资料的数据库。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问，是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威，各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。在PDB的基础上，还发展出来若干依据不同原则对PDB结构数据进行分类的数据库，例如GO将PDB中的数据按基因进行了分类。这些资料和数据一般是世界各地的结构生物学家经由X射线晶体学或NMR光谱学实验所得，并释放到公有领域供公众免费使用。
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| 数据格式 | PDB |
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历史
PDB的历史可以追溯到1971年，当时布鲁克黑文国家实验室的Walter Hamilton决定在Brookhaven建立这个数据库。1973年Hamilton去世后，Tom Koeztle接管了PDB。1994年1月，以色列魏茨曼科学研究学院的Joel Sussman被任命为PDB负责人。在1998年10月，PDB被移交给了Research Collaboratory for Structural Bioinformatics(RCSB)，并与1999年6月移交完毕，新的负责人是罗格斯大学(Rutgers大学)（RCSB成员）的Helen M. Berman。2003年，PDB作为wwPDB的核心，成为了一个国际性组织。同时，wwPDB的其他成员，包括PDBe（欧洲）、RCSB（美国）、PDBj（日本）也为PDB提供了数据积累、处理和发布的中心。BMRB 于2006年加入[1]。值得一提的是，虽然PDB的数据是由世界各地的科学家提交的，但每条提交的数据都会经过wwPDB工作人员的审核与注解，并检验数据是否合理。PDB及其提供的软件现在对公众免费开放。
内容
PDB数据库每周更新（UTC+0 星期三）。 同样，PDB馆藏列表[2]也每周更新一次。 截至截至2017年3月14日[update]，现有统计信息如下：
| 实验 方法 |
蛋白质 | 核酸 | 蛋白质/核酸 复合物 |
其他 | 总数 |
|---|---|---|---|---|---|
| X射线晶体学 | 106595 | 1820 | 5471 | 4 | 113890 |
| 核磁共振 | 10296 | 1190 | 241 | 8 | 11735 |
| 电子显微镜 | 1021 | 30 | 367 | 0 | 1418 |
| 混合 | 99 | 3 | 2 | 1 | 105 |
| 其他 | 181 | 4 | 6 | 13 | 204 |
| 总数: | 118192 | 3047 | 6087 | 26 | 127352 |
- PDB中的103,514个结构具有结构因子文件。
- 9,057个结构具有NMR约束文件。
- PDB中的2,826个结构具有化学位移文件。
- PDB中的1,403个结构在EM Data Bank中存有3DEM地图文件
这些数据表明大多数结构是由X射线衍射确定的，但是现在约10％的结构由蛋白质NMR确定。 当使用X射线衍射时，获得蛋白质原子坐标的近似值，而通过NMR实验发现蛋白质原子对之间距离的估计值。 因此，在后一种情况下，通过求解距离几何问题来获得蛋白质的最终构象。 一些蛋白质由低温电子显微镜确定。 （单击原始表中的数字将显示由该方法确定的结构示例。）
上述结构因子文件的意义在于，对于具有结构文件的由X射线衍射确定的PDB结构，可以查看电子密度图。 这些结构的数据存储在“电子密度服务器”上[3][4] 。
过去，PDB的结构数量以近似指数的速度增长，通过了1982年的100个注册结构里程碑，1993年的1,000个，1999年的10,000个，以及2014年的100,000个[5][6]。然而，自2007年以来，新蛋白质结构的积累速率似乎已经趋于稳定。
以下为PDB成员网站
参见
参考文献
- ^ BMRB - Biological Magnetic Resonance Bank. [2014-01-02]. （原始内容存档于2020-10-20）.
- ^ PDB Current Holdings Breakdown. RCSB. [2018-04-22]. （原始内容存档于2007-07-04）.
- ^ The Uppsala Electron Density Server. Uppsala University. [2013-04-06]. （原始内容存档于2021-03-21）.
- ^ Kleywegt GJ, Harris MR, Zou JY, Taylor TC, Wählby A, Jones TA. The Uppsala Electron-Density Server. Acta Crystallogr D. Dec 2004, 60 (Pt 12 Pt 1): 2240–2249. PMID 15572777. doi:10.1107/S0907444904013253.
- ^ Anon. Hard data: It has been no small feat for the Protein Data Bank to stay relevant for 100,000 structures. Nature. 2014, 509 (7500): 260. PMID 24834514. doi:10.1038/509260a.
- ^ Content Growth Report. RCSB PDB. [2013-04-06]. （原始内容存档于2007-04-28）.
外部链接
- （英文）PDB的官方网站（总站） （页面存档备份，存于互联网档案馆），局域网站（下）
- （英文）The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)— parent site to regional hosts (below)
- wwPDB Documentation （页面存档备份，存于互联网档案馆） — documentation on both the PDB and PDBML file formats
- （英文）Looking at Structures （页面存档备份，存于互联网档案馆） — The RCSB's introduction to crystallography
- （英文）PDBsum Home Page （页面存档备份，存于互联网档案馆） — Extracts data from other databases about PDB structures.
- （英文）Nucleic Acid Database, NDB （页面存档备份，存于互联网档案馆） — a PDB mirror especially for searching for nucleic acids
- （英文）Introductory PDB tutorial sponsored by PDB
- （英文）PDBe: Quick Tour on EBI Train OnLine （页面存档备份，存于互联网档案馆）