郭肇基(?—1650年),山东金乡县人。清朝政治人物。
顺治二年(1645年)举乙酉科山东乡试,顺治三年(1646年)联登进士[1]。任狄道县知县[2]。顺治七年(1650年)六月,郭肇基等人因为“擅带逃人五十三名”,被多尔衮处死[3]。