卫生福利部所属医院
卫生福利部所属医疗机构，为中华民国卫生福利部所管理的医疗机构，原为台湾省政府卫生处所属之各地省立医院，1999年7月1日精省后改隶行政院卫生署医院管理委员会（今卫生福利部附属医疗及社会福利机构管理会）。共有26家医疗机构，可分为综合医院及特殊疗养院。
所属医院
综合医院
计有19家综合医院。
- 北区区域联盟
- 中南区域联盟
特殊疗养院
计有7家特殊疗养院。
- 北区区域联盟
- 中南区域联盟
公办民营（BOT）模式医院
已裁撤或改制的医院
- 云林医院：2004年4月改制为“国立台湾大学医学院附设医院云林分院”
- 宜兰医院：2008年1月改制为“国立阳明大学附设医院”
- 新竹医院：2011年7月改制为“国立台湾大学医学院附设医院新竹分院”
- 竹东医院：2011年7月改制为“国立台湾大学医学院附设医院竹东分院”