马福元,中华民国大陆时期新疆国民革命军第三十六师穆斯林将领,为马仲英之部属。
1934年叶尔羌战役和英吉沙战役中,马福元与马占仓成功剿灭柯尔克孜和维吾尔叛军并消灭东突厥斯坦第一共和国领导人铁木尔伯克、阿不都拉·布格拉和努尔·阿合买提江·布格拉。[1]。
马福元后升任第三十六师副师长。