非等位基因（Nonallelic gene）是出現在基因組不同位置上的同一基因的兩份（或多份）拷貝。（等位基因則是出現在同源染色體的相同位置上、來自不同親本的同一基因的拷貝。）例如，紅花基因C和高莖基因D。
非等位基因可分為：異位顯性基因、互補基因、累加基因、背景基因型、微效多基因、抑制基因、調節基因、修飾基因、調節基因等。
