伊薩克·科穆寧是拜占庭皇帝約翰二世與皇后匈牙利的伊琳娜(英語:Irene of Hungary)的第三子。此前伊薩克的兩個兄長已去世,但約翰二世死前卻選擇讓第四子曼努埃爾繼位,導致兩兄弟關係緊張。他曾參加父親和弟弟在小亞細亞的戰爭,他還是普世牧首科斯瑪斯二世(英語:Cosmas II of Constantinople)的堅定支持者,除此之外,關於他的記載不多。