遺傳指紋分析（英語：Genetic fingerprinting），有時也稱為基因標定或基因鑑定等，是一種使用通過比較DNA片段來區別不同個體的方法。於1984年，由萊斯特大學的亞歷克·傑弗里斯教授發明。
用限制性內切酶消化含短重複序列的DNA，以分析不同個體產生的片段差異。因為它們對每個個體而言都是獨一無二的（同卵雙胎例外），任何兩個個體出現特定的長短的DNA片段，就能用於確定它們間有無共同的遺傳來源。此技術廣泛使用於親子鑒定、法證科學、譜系鑒證和辨別瀕危物種等領域。
