DOCK
UCSF DOCK是由歐文「塔克」孔茨小組於20世紀80年代開發的首個分子對接程序。[1]DOCK使用幾何算法來預測小分子的結合模式。[2][3][4] 布賴恩·肖切特（Brian K. Shoichet）、戴維·凱斯（David A. Case）、羅伯特·里佐（Robert C.Rizzo）是該軟件的開發者。
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| 原作者 | Brian K. Shoichet David A. Case Robert C.Rizzo |
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| 開發者 | 加州大學三藩市分校 |
| 首次發佈 | 1982年 |
| 當前版本 | DOCK 3：3.8 DOCK 6：6.12 |
| 程式語言 | DOCK 3：Fortran、C語言 DOCK 6：C++、C語言、Fortran 77 |
| 作業系統 | DOCK 3：原始碼 DOCK 6：Linux、macOS、Windows |
| 平台 | x86、x86-64 |
| 文件大小 | 100 MB |
| 語言 | 英語 |
| 類型 | 分子對接 |
| 許可協議 | 專有: 對學術機構免費 對行業組織收費 |
| 網站 | dock |
| 數據截至 | 2024-10-04 |
小組目前正在開發DOCK 3和DOCK 6兩個版本的程序。
DOCK使用的配體採樣方法包括：
- 剛性對接：形狀匹配，使用放置在袋中的微球並對這些微球和分子進行二分圖匹配（所有版本）。
- 自由配體使用錨點和增長算法（DOCK 4-6）[5]、數據庫的層次對接（DOCK3.5-3.8）進行計算。[6][7]
戴維·凱斯小組在DOCK 6的打分函數AMBER score中加入了分子動力學引擎。這一功能考慮到了受體的靈活性，並允許在分子對接計算中按含能集成排序。[8]
參見
參考資料
- ^ Kuntz, ID; Blaney, JM; Oatley, SJ; Langridge, R; Ferrin, TE. A geometric approach to macromolecule-ligand interactions. Journal of Molecular Biology. 1982, 161 (2): 269–88. PMID 7154081. doi:10.1016/0022-2836(82)90153-X.
- ^ Ewing, TJ; Makino, S; Skillman, AG; Kuntz, ID. DOCK 4.0: search strategies for automated molecular docking of flexible molecule databases. Journal of Computer-aided Molecular Design. 2001, 15 (5): 411–28. Bibcode:2001JCAMD..15..411E. PMID 11394736. S2CID 5553209. doi:10.1023/A:1011115820450.
- ^ Moustakas, DT; Lang, PT; Pegg, S; Pettersen, E; Kuntz, ID; Brooijmans, N; Rizzo, RC. Development and validation of a modular, extensible docking program: DOCK 5. Journal of Computer-aided Molecular Design. 2006, 20 (10–11): 601–19. Bibcode:2006JCAMD..20..601M. PMID 17149653. S2CID 24495648. doi:10.1007/s10822-006-9060-4.
- ^ Lang, PT; Brozell, SR; Mukherjee, S; Pettersen, EF; Meng, EC; Thomas, V; Rizzo, RC; Case, DA; et al. DOCK 6: Combining techniques to model RNA–small molecule complexes. RNA. 2009, 15 (6): 1219–30. PMC 2685511
. PMID 19369428. doi:10.1261/rna.1563609.
- ^ Ewing, TJ; Makino, S; Skillman, AG; Kuntz, ID. DOCK 4.0: search strategies for automated molecular docking of flexible molecule databases. Journal of Computer-aided Molecular Design. 2001, 15 (5): 411–28. Bibcode:2001JCAMD..15..411E. PMID 11394736. S2CID 5553209. doi:10.1023/A:1011115820450.
- ^ Lorber, DM; Shoichet, BK. Flexible ligand docking using conformational ensembles. Protein Sci. 1998, 7 (4): 938–950. PMC 2143983 . PMID 9568900. doi:10.1002/pro.5560070411.
- ^ Lorber, DM; Shoichet, BK. Hierarchical Docking of Databases of Multiple Ligand Conformations. Curr Top Med Chem. 2005, 5 (8): 739–49. PMC 1364474 . PMID 16101414. doi:10.2174/1568026054637683.
- ^ Lang, PT; Brozell, SR; Mukherjee, S; Pettersen, EF; Meng, EC; Thomas, V; Rizzo, RC; Case, DA; et al. DOCK 6: Combining techniques to model RNA–small molecule complexes. RNA. 2009, 15 (6): 1219–30. PMC 2685511 . PMID 19369428. doi:10.1261/rna.1563609.
