雲南省微生物研究所於1979年成立。
1978年,姜成林等5位科學家向雲南省科委報告建立雲南省微生物研究所的必要性,獲得批准後,由中國科學院昆明植物所農抗組,及中國科學院昆明動物所等科研單位調派人員於1979年在雲南大學北院建所。
微生物研究所以微生物資源的利用與開發為主。該所在姜成林教授的帶領下對放線菌的分離分類、生態與分子進化等方面作出顯著貢獻。研究所還與國內外多家醫藥集團聯合建立了微生物藥物、微生物農藥研發系統。