陈冲内阁（2012年2月6日－2013年2月18日） |
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| 行政院院长 | |
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| 行政院副院长 | |
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| 行政院秘书长 | 林益世（2012年2月6日－2012年6月29日） → 陈士魁（2012年6月29日－2013年2月17日） |
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| 部、会 |
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| | 杨进添（2009年9月10日－2012年9月25日） → 林永乐（2012年9月26日－ ） |
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| | 刘忆如（2012年2月6日－2012年5月30日） → 张盛和（2012年6月1日－ ） |
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| | 施颜祥（2009年9月10日－2013年2月17日） |
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| | 毛治国（2008年5月20日－2013年2月17日） |
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| 署、附属二级机关 |
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| 行政院卫生署署长 | |
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| | 尹启铭（2012年2月6日－2013年2月17日，政务委员兼任） |
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| | 赖幸媛（2008年5月20日–2012年9月28日） → 王郁琦（2012年9月28日－ ） |
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| | 朱景鹏（2009年9月30日－2012年7月10日） → 宋余侠﹝2012年7月10日－ ） |
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| | 王如玄（2008年5月20日－2012年9月30日） → 潘世伟（2012年10月1日－ ） |
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| | 吴泰成（2012年2月6日－2012年3月25日） → 黄富源（2012年3月26日－ ） |
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| | 胡幼伟（2012年5月20日－2012年10月7日） → 黄敏恭(代理)（2012年10月7日－2012年10月22日） → 郑丽文（2012年10月23日－ ） |
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| 独立机关与其他内阁机关 |
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| | 吴秀明（2010年2月1日－ ；任期制的独立机关，不受内阁改组影响） |
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| | 张博雅（2010年11月12日－ ；任期制的独立机关，不受内阁改组影响） |
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| | 苏蘅（2010年8月11日－2012年7月31日） → 石世豪（2012年8月1日－ ；任期制的独立机关，不受内阁改组影响） |
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| | 彭淮南（1998年2月25日－ ；任期制部会机关，不受内阁改组影响） |
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| | 周功鑫（2008年5月20日－2012年7月29日） → 周筑昆(2012年7月30日－2012年9月18日) → 冯明珠（2012年9月14日－﹞ |
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| 不管部会之政务委员 |
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| 薛承泰（2009年2月16日－2013年2月16日） | | 尹启铭（2012年5月20日－2013年2月17日）（再任） | | | | | | | | | | | | | | |
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