蛋白質電泳（英語：Protein electrophoresis）是根據蛋白質帶電量或分子量的大小把不同的蛋白質分開，起到分離純化的效果。根據帶電量分離的叫「等電點電泳」（二維電泳），根據分子量分的是用「十二烷基硫酸鈉聚丙烯醯胺凝膠電泳」。後者的運用較廣泛，與轉膜技術，抗原抗體反應，和成像技術合起來就是分子生物學實驗室常用的「蛋白質印跡法」（western blotting）。
