醫林改錯
王清任強調「業醫診病，當先明臟腑」，他親自去墳場、刑場觀察屍體。
道光十年（1830年）撰成《醫林改錯》二卷，約3萬餘字，並繪有25幅臟腑圖譜。
內容
王清任企圖建立「氣」、「血」系統，兩者不相通，血管中只流血，氣管中只行氣，主張心臟是氣管通路，認為心中無血。
《醫林改錯》內「活血化瘀」的方劑有二十二例，如五逐瘀湯（血府逐瘀湯、膈下逐瘀湯、少腹逐瘀湯、身痛逐瘀湯、通竅活血湯）、補陽還五湯等，被稱為活血化瘀派的宗師。
評價
《醫林改錯》在醫學界褒貶不一，有人說是「集數十載之精神，考正數千年之遺誤」， 是「稀世之寶」；也有醫家認為是「醫林改錯，越改越錯」。（例如：《內經》認為尿液是食物中的水液進入大腸後，循下焦滲入膀胱。王清任卻批評說：「尿從糞中滲出，其氣當臭，嘗用童子小便，並問及自飲小便之人，只言味鹹，其氣不臭……」，又謂「中風者半身無氣，半身有氣者」）
《醫林改錯》否認三焦，認為本無其事物。王清任雖然實地觀察屍體，堅持「親見臟腑」，卻缺乏「系統的實驗」精神，亦乏「操作典範」，僅僅是動目而不動手，使得書中的結論過於草率，因此嚴重影響到本書的價值。
參考書目
- 王道還，〈論醫林改錯的解剖學〉，《新史學》，1995，第六卷第一期，頁 95－112。
- Nathan Sivin，Traditional medicine in contemporary China.（Ann Arbor，1987）.